そのほか、セキュリティの問題もある。Leonard氏は自身のコンピュータを例にとり、次のように説明する。「現在、私のマシンには2,100ものDebianパッケージがインストールされている。マシンのアップデートを行うたびに、これらのパッケージの作者は該当するシェルスクリプトを私のマシンでrootとして実行しにかかる。文書パッケージや、何ヶ月も前にインストールしたっきり一度も使っていないパッケージも例外ではない。各パッケージのメンテナをそこまで信用したとしても、そうしたパッケージの1つがマシンに問題を起こすリスクがないとは言い切れない」

Leonard氏は、こうしたやり方を最低の権限の基本的なセキュリティを踏みにじるものだとし、「このことはデスクトップ・アプリケーションにシステムを破壊しうる権限を持たせるべきではないことを示している」と語る。サンドボックス化を可能にする取り組み ― そこにはプログラムのテストも含まれる ― が存在するとはいえ、「apt-getに対して一体どんなポリシーが書けるというのだろうか」と彼は疑問を投げかける。もちろん、YUMやその他すべてのパッケージ管理ユーティリティにも同じことが言える。

さらに、Leonard氏は柔軟性の低さについても不満を述べている。「私のマシンでは、各パッケージについて複数のバージョンは入れないようにせざるを得ない。また、私の環境にはGTK 2.8をインストールしてあるので、GTK 2.4のヘッダファイルに依存するプログラムはコンパイルできない。gnupgに対するセキュリティ・アップデートも、libreadline5との競合の問題からuser-mode-linuxをアンインストールしようとするので、インストールできない。さらに、10年前のプログラムを実行することもできない。昔のプログラムが必要とするライブラリは、今やすっかり様変わりしているからだ」。だが、こうした問題は回避できないものではない。むしろ、Leonard氏は次のように言う。「これらは、現在のインストール・システムによって勝手に決められて持ち込まれた制限に過ぎない」